نحوه رسیدگی به اظهارنامه‌های مالیاتی مودیان حقیقی و حقوقی بر اساس مواد 97 و 106 قانون مالیاتهای مستقیم؛ درآمد مشمول مالیات اشخاص حقیقی و حقوقی که مکلف به تسلیم اظهارنامه مالیاتی می‌باشند، به استناد اظهارنامه مالیاتی که با رعایت قوانین و مقررات مربوط تنظیم و ارائه شده و بر اساس اطلاعات موجود در پایگاههای اطلاعاتی سازمان امور مالیاتی کشور مورد تائید قرار گرفته باشد، تعیین خواهد شد.

سازمان امور مالیاتی کشور می‌تواند اظهارنامه‌های مالیاتی دریافتی را بدون حسابرسی؛ قبول و صرفاً تعدادی از آنها را که بر اساس معیارها و شاخص‌های تعیین شده و یا بطور نمونه انتخاب می‌نماید، مورد رسیدگی قرار دهد.

در خصوص نحوه رسیدگی به اظهارنامه‌های مالیاتی ؛ توجه به نکات ذیل ضروری است:

• چنانچه مؤدیان از ارائه اظهارنامه مالیاتی در مهلت قانونی و مطابق با مقررات خودداری نمایند، سازمان امور مالیاتی نسبت به تهیه اظهارنامه مالیاتی برآوردی براساس فعالیت یا اطلاعات اقتصادی مؤدیان در پایگاه اطلاعاتی مربوط ( اطلاعات فروش و درآمدها، هزینه‌ها، معافیت ها و …) اقدام و مالیات متعلق را با صدور برگ تشخیص مالیات، مطالبه می‌نماید.
• عدم ارائه ترازنامه و یا حساب سود و زیان یا صورت درآمد و هزینه یا خلاصه درآمد و هزینه به  همراه اظهارنامه مالیاتی و یا ابراز مبلغ صفر در تمامی بخش‌ها و اقلام درآمدی و هزینه‌ای صورت های مالی مذکور، به منزله تسلیم اظهارنامه مالیاتی مطابق مقررات  تلقی نمی‌شود.
• برای صاحبان مشاغلی که نسبت به تکمیل و ارسال فرم مربوط به تعیین مالیات مقطوع (موضوع تبصره ماده (100) قانون مالیات­های مستقیم) اقدام نموده‌اند لیکن بر اساس مقررات مربوط، مشمول استفاده از تسهیلات این مقررات نمی‌باشند، اظهارنامه برآوردی تهیه و مالیات مربوط مطالبه خواهد شد.
• چنانچه مؤدیان مالیاتی نسبت به برگ تشخیص صادره به موجب اظهارنامه برآوردی، معترض باشند، می­بایست همزمان با تسلیم اعتراض خود، مطابق با مقررات نسبت به ارائه اظهارنامه مالیاتی منطبق با فعالیت اقتصادی واقعی خود به اداره امور مالیاتی مربوط اقدام نمایند. در غیر اینصورت، اعتراض ایشان در مراجع مختلف حل اختلاف مالیاتی قابل رسیدگی نخواهد بود.